تفاوتت مدة توقف عمليات التطعيم الروتيني بمناطق سيطرة الحركة الشعبية شمال بولايتي جنوب كردفان والنيل الأزرق وذلك نتيجة للصراعات التي تدور بالولايتين بين الحركة الشعبية شمال والقوات المسلحة السودانية حيث تعطلت عمليات التطعيم الروتيني منذ إنفجار الوضع بجنوب كردفان في يونيو من العام 2011 وبالنيل الأزرق منذ سبتمبر من نفس العام وسط الأطفال دون سن الخامسة والأمهات الحوامل وتجاوزت العامين في المنطقتين في وقت أكدت فيه الأمم المتحدة بأن العمليات مازالت متوقفة نتيجة لعدم إتفاق اطراف الصراع في الولايتين وذلك في منشور صادر من وكالة الشئون الإنسانية التابعة للامم المتحدة مطلع الاسبوع المنصرم بينما تشتكي السلطات الصحية بمناطق سيطرة الحركة الشعبية بجنوب كردفان والنيل الأزرق من تفاقم أوضاع الأطفال دون الخامسة والأمهات الحوامل نتيجة لتوقف عمليات التطعيم الروتيني وابدوا مخاوفهم من تفاقم الأوضاع الصحية للشريحتين وأكدوا تزايد معدلات الوفيات وسط الأطفال حديثي الولادة والأمهات الحوامل ففي ولاية جنوب كردفان قالت الاستاذة رجاء ادم محجوب مسئوؤلة الأمومة والطفولة بمناطق سيطرة الحركة الشعبية أن معاناة الأطفال والأمهات الحوامل في تزايد مستمر نتيجة لإنعدام الرعاية الأولية في المنطقة وعزت محجوب المعاناة لتوقف عمليات التطعيم وسط الشريحتين واضافت بأن دور الأمومة والطفولة الأن إنحصرت في التوعية فقط للأمهات دون ما خدمات صحية تقدم لهن واعربت محجوب عن مخاوف وسط الأسر من تدهور أوضاع الشريحتين وطالبت الأجهات المعنية والمنظمات بالإطلاع بدورهما لحث الخرطوم بالسماح للمنظمات العاملة في مجال الرعاية الأولية بالتدخل لتقديم الخدمات للمعنيين